Die Kulturethologie entspringt sowohl den Naturwissenschaften als auch den Kulturwissenschaften. Aus diesem Grund ist die Kulturethologie auch in ihrer Methodenwahl hybrid. Sie bedient sich biologischer Paradigmata und arbeitet in dieser Hinsicht deduktiv, d.h. sie leitet Hypothesen aus biologischen Theorien ab. In der Betrachtung ihrer Studienobjekte arbeitet sie jedoch induktiv, d.h. sie sucht nach Gesetzmässigkeiten kultureller Objekte, Inhalte und Prozesse.

Beide Forschungszugänge sind für die Kulturethologie legitim, sie müssen allerdings in jeder Argumentation streng getrennt werden.

Wissenschaftshistorisch ist die Kulturethologie der Ethologie und der Ethnologie verwandt und bezieht sich in ihren Methoden auf diese. In den letzten Jahren wurde ein Grossteil der wissenschaftlichen Arbeit der Kulturethologie bei den Matreier Gesprächen geleistet. Der Matreier Kreis ist eine interdisziplinäre Gruppe von Wissenschaftlern verschiedendster, vor allem auch geisteswissenschaftlichen, Disziplinen.

Karte mit den Entstehungsorten unterschiedlicher agrarischer Produktionsformen